neuroConstruct jest rozwijany w Silver Lab na Wydziale Neurologii, Fizjologii i Farmakologii na UCL. neuroConstruct został zaprojektowany w celu uproszczenia rozwoju złożonych sieci biologicznie realistycznych neuronów, czyli modeli zawierających morfologie dendrytyczne i realistyczne przewodnictwo błon komórkowych. Jest on realizowany w Javie i generuje pliki skryptów dla symulatorów NEURON i GENESIS, ze wsparciem dla innych platform symulacyjnych (w tym PSICS, MOOSE i PyNN) w zaawansowanych etapach rozwoju. Wykorzystuje najnowsze specyfikacje NeuroML, w tym MorphML, ChannelML i NetworkML. Rozwój tego oprogramowania był możliwy dzięki finansowaniu z Wellcome Trust, Medical Research Council i EU Synapse Project. Niektóre z kluczowych cech neuroConstruct są: * neuroConstruct może importować pliki morfologii w GENESIS, NEURON, Neurolucida, SWC i MorphML format do włączenia w pojedynczych komórek lub modeli sieciowych, lub więcej abstrakcyjnych komórek mogą być również budowane ręcznie. * Tworzenie sieci neuronów opartych na przewodności umieszczonych w 3D * Złożone wzorce łączności między grupami komórek można określić dla sieci * Skrypty symulacyjne mogą być generowane dla NEURON, GENESIS, MOOSE, PSICS i PyNN oparte symulatory (uwaga: nie każdy projekt może być generowany dla każdego symulatora) * Biofizycznie realistyczne mechanizmy komórkowe (synapsy / mechanizmy kanału) mogą być importowane z natywnych plików skryptów (*.mod lub *.g) lub tworzone z szablonów za pomocą ChannelML * Automatyczne generowanie kodu do rejestrowania danych symulacyjnych i wizualizacji / analizy danych w neuroConstruct * Zarejestrowane przebiegi symulacji można przeglądać i zarządzać za pośrednictwem interfejsu przeglądarki simulation * Interfejs skryptów oparty na Pythonie może być używany do kontrolowania generowania i wykonywania modelu, umożliwiając uruchamianie wielu symulacji w celu optymalizacji modelu komórki i sieci
historia wersji
- Wersja 1.6.0 opublikowany na 2012-08-23
Szczegóły programu
- Kategorii: Edukacji > Nauki
- Wydawca: University College London
- Licencji: Wolna
- Cena: N/A
- Wersja: 1.6.0
- Platformy: windows