Projekt SourceForge OpenRasMol jest uzupełnieniem projektu RasMol i OpenrasMol w http://rasmol.org. Oczekuje się, że projekt SourceForge OpenRasMol zapewni wygodny punkt centralny dla aktywnych wspólnych wkładów. Cechy RasMol: RasMol to molekularny program graficzny przeznaczony do wizualizacji białek, kwasów nukleinowych i małych cząsteczek. Program ma na celu wyświetlanie, nauczanie i generowanie obrazów wysokiej jakości publikacji. RasMol działa na szerokiej gamie architektur i systemów operacyjnych, w tym Microsoft Windows, Apple Macintosh, UNIX i VMS. Wersje systemu UNIX i VMS wymagają 8, 24 lub 32-bitowego kolorowego wyświetlacza X Windows (X11R4 lub nowszego). Wersja RasMol dla systemu X Windows zapewnia opcjonalną obsługę skrzynki z tarczami sprzętowymi i przyspieszoną komunikację z pamięcią współdzieloną (za pośrednictwem rozszerzeń XInput i MIT-SHM), jeśli jest dostępna na bieżącym serwerze X Server. Program odczytuje w pliku współrzędnych cząsteczki i interaktywnie wyświetla cząsteczkę na ekranie w różnych schematach kolorystycznych i reprezentacjach cząsteczek. Obecnie dostępne reprezentacje obejmują głębiowe szkielety, drążki "Dreiding", kule wypełniające przestrzeń (CPK), kulki i kija, taśmy stałe i nici biomolekularne, etykiety atomów i powierzchnie krosowe. Wersja RasMol dla systemu X Windows zapewnia opcjonalną obsługę skrzynki z tarczami sprzętowymi i przyspieszoną komunikację z pamięcią współdzieloną (za pośrednictwem rozszerzeń XInput i MIT-SHM), jeśli jest dostępna na bieżącym serwerze X Server. Program odczytuje w plikach współrzędnych molekularnych i interaktywnie wyświetla cząsteczkę na ekranie w różnych reprezentacjach i schematach kolorystycznych. Obsługiwane formaty plików wejściowych obejmują Protein Data Bank (PDB), Tripos Associates Alchemy i Sybyl Mol2 formatów, Molecular Design Limited (MDL) Format pliku Mol, Minnesota Supercomputer Center (MSC) XYZ (XMol) format, format CHARMm, format CIF i pliki formatu mmCIF. Jeśli informacje o łączności nie są zawarte w pliku, są one obliczane automatycznie. Załadowana cząsteczka może być pokazana jako wiązania szkieletowe, wiązania cylindrów "Dreiding", ślad alfa-węglowy, kule wypełniające przestrzeń (CPK), taśmy makromolekularne (gładkie zacienione taśmy stałe lub równoległe nici), wiązanie wodoru i reprezentacje powierzchni punktowej. Atomy mogą być również oznaczone dowolnymi ciągami tekstowymi. Konformatory alternatywne i wiele modeli NMR mogą być specjalnie zabarwione i identyfikowane na etykietach atomów. Różne części cząsteczki mogą być reprezentowane i barwione niezależnie od reszty cząsteczki lub wyświetlane w kilku reprezentacjach jednocześnie. Wyświetlana cząsteczka może być obracana, tłumaczona, powiększana i przycinana z (slabbed) interaktywnie za pomocą myszy, pasków przewijania, wiersza polecenia lub dołączonego pola wybierania. RasMol może odczytać przygotowaną listę poleceń z pliku "skrypt" (lub za pośrednictwem komunikacji między procesami), aby umożliwić szybkie przywrócenie danego obrazu lub punktu widzenia. RasMol może również utworzyć plik skryptu zawierający polecenia wymagane do ponownego wygenerowanie bieżącego obrazu. Wreszcie, renderowany obraz może być zapisywany w różnych formatach, w tym rastrowych lub wektorowych PostScript, GIF, PPM, BMP, PICT, Sun rasterfile lub jako skrypt wejściowy MolScript lub Kinemage. Dostęp do pomocy RasMol można uzyskać, wpisując "pomoc" lub "pomoc
historia wersji
- Wersja RasMol_2.7.5 opublikowany na 2010-12-15
Kilka poprawek i aktualizacji - Wersja RasMol_2.7.5 opublikowany na 2010-12-15
Szczegóły programu
- Kategorii: Edukacji > Innych
- Wydawca: www.rasmol.org
- Licencji: Wolna
- Cena: N/A
- Wersja: 2.7.5
- Platformy: linux